Problematika trasování VRT je zpracovávaná v páté změně Zásad územního rozvoje Ústeckého kraje (ZUR). Město před konáním veřejného projednání vzneslo své námitky. Mezi nimi bylo, aby přes Ústí nad Labem jezdila primárně osobní doprava, nikoli nákladní vlakové soupravy. „Tím by došlo k výraznému zhoršení životního prostředí ve městě způsobeným enormním nárůstem počtu nákladních vlakových souprav, které by ho zatěžovaly nejen hlukem, ale i prachem,“ doplnila mluvčí.

Město navrhlo na základě doporučení pracovní skupiny VRT a komise rady, aby byla vybudována například podzemní varianta včetně přestupního terminálu v těsné blízkosti centra města, nebo aby v případě povrchové varianty do města zajížděly pouze osobní vlakové spoje. Dalším požadavkem je postupné uvolnění nepotřebných kolejišť v prostoru západního nádraží přiléhajících k pozemkům okolo řeky Bíliny, kde by město v budoucnu chtělo vybudovat obytnou, odpočinkovou a klidovou zónu. V neposlední řadě samospráva chce, aby byla společnost Spolchemie napojena na novou vlečku, čímž by se z prostoru západního nádraží odstranily cisterny s chlórem.

Podzemní varianta tratě by podle dřívějšího vyjádření Správy železnic nesla víc problémů než povrchová. Podzemní nástupiště by muselo být umístěno 24 metrů pod zemí, trať by vedla pod Labem a pod Klíšským potokem. Složitější by byla i případná evakuace lidí třeba z porouchané soupravy i přístup záchranných složek do tunelu kvůli nehodě.

Plánovaná rychlostní trať má umožnit jízdu vlaků rychlostí až 350 kilometrů za hodinu. Jízdní doba z Prahy do Ústí nad Labem by se tak mohla zkrátit zhruba o polovinu na 30 minut. Nové centrální nádraží v krajském městě by mělo být poblíž současného západního nádraží. Za městem pak vlaky zajedou do tunelu pod Krušnými horami a vyústí v Německu.