Arbitráž přiřkla peníze Škodě Transportation. Dráhy chtěly rozhodnutí zvrátit. Uplatnily řadu právních argumentů, včetně údajné podjatosti rozhodce. Vrchní soud v Praze ale dospěl k závěru, že pokud o námitce podjatosti negativně rozhodlo předsednictvo rozhodčího soudu, nelze ji znovu přezkoumávat v řízení o žalobě před obecnými soudy. Nejvyšší instance má opačný názor, který prý vyplývá ze starší judikatury.

„Rozhodnutí odvolacího soudu o nepřipuštění možnosti soudního přezkumu rozhodnutí předsednictva rozhodčího soudu o nepodjatosti rozhodce je nutno považovat za nesprávné,“ stojí v rozhodnutí NS. České dráhy v dovolání uplatnily i některé další námitky, uspěly jen s jedinou, týkající se právě podjatosti. Stačila však ke zrušení verdiktu.

Národní dopravce si u Škody objednal 20 lokomotiv zhruba za 2,5 miliardy. Lokomotivy měl převzít roku 2009, první stroje ale dostal až v roce 2013. Škoda obhajovala pozdní dodání změnou předpisů během vývoje lokomotiv a obrátila se na arbitrážní soud s požadavkem na doplatek kupní ceny. Dráhy se naopak dožadovaly miliardové pokuty za pozdní dodávku. Arbitráž nakonec přiznala Škodě Transportation za lokomotivy doplatek 1,2 miliardy.

Dráhy rozhodnutí arbitráže neuznaly a požadovaly u soudu jeho zrušení. Pražský městský soud však uznal rozhodnutí arbitráže za platné. Zabýval se zejména procesní stránkou vedení arbitráže. Dráhy se pak odvolávaly ještě k vrchnímu soudu, ani ten však výtky státního podniku neuznal jako důvodné a potvrdil původní rozhodnutí. Poukázal mimo jiné i na rozhodčí doložku, která byla součástí smlouvy mezi oběma firmami, a jež neumožňovala, aby spor řešil věcně soud.

ČTK